Il TAR Milano osserva che secondo la giurisprudenza della Sezione, lo scrutinio circa la doppia conformità delle opere richiesta dall'art. 36, d.P.R. n. 380 del 2001 non può che essere complessivo nel caso in cui, come quello di specie, siano realizzate abusivamente più opere tutte funzionalmente collegate tra loro; del resto, l’art. 36 regola la sanatoria avuto riguardo all’intervento abusivo e non alla singola opera abusiva; sicché, presentandosi l'intervento, anche alla stregua delle tipologie di lavori definite dall'art. 3 del d.P.R. n. 380 del 2001, il risultato edilizio di una singola opera o di plurime opere funzionalmente connesse, la sanatoria dell'intervento non può non avere ad oggetto il complesso delle opere in cui lo stesso si sostanzia (T.A.R. per la Lombardia – sede di Milano, Sez. II, 26.2.2021, n. 528).
Aggiunge inoltre che secondo un condivisibile e consolidato orientamento giurisprudenziale “il rilascio di un permesso in sanatoria con prescrizioni, con le quali si subordina l’efficacia dell’accertamento alla realizzazione di lavori che consentano di rendere il manufatto conforme alla disciplina urbanistica vigente al momento della domanda o al momento della decisione, contraddice, innanzitutto sul piano logico, la rigida direttiva normativa poiché la previsione di condizioni o prescrizioni smentisce qualsiasi asserzione circa la doppia conformità dell’opera, dimostrando che tale conformità non sussiste se non attraverso l’esecuzione di modifiche ulteriori e postume (rispetto alla stessa presentazione della domanda di accertamento in sanatoria)” (Consiglio di Stato, Sez. VI, 13 gennaio 2021, n. 423; Id., 24 giugno 2020, n. 4058; Id., 14 gennaio 2019, n. 325; T.A.R. per la Lombardia – sede di Milano, Sez. II, 29 aprile 2020, n. 713; Id, 9.3.2021, n. 619).

TAR Lombardia, Milano, Sez. II, n. 1749 del 19 luglio 2021.
La decisione è consultabile sul sito istituzionale della Giustizia Amministrativa, sezione decisioni e pareri.