Il TAR Milano precisa che «La giurisprudenza di questo Tribunale è univocamente attestata nel ritenere che il termine e i presupposti per l’approvazione del P.G.T. stabiliti dall’articolo 13, comma 7, della legge regionale n. 12 del 2005 abbiano carattere ordinatorio e non perentorio e che, conseguentemente, il superamento delle scadenze previste non determina il venir meno degli atti della procedura pianificatoria (T.A.R. Lombardia, Milano, II, 20 agosto 2019, n. 1895; 22 gennaio 2019, n. 122; 10 dicembre 2018, n. 2761; 30 marzo 2017, n. 761; 26 maggio 2016, n. 1097; 15 settembre 2015, n. 1975; 22 luglio 2015, n. 1764; 24 aprile 2015, n. 1032; 19 novembre 2014, n. 2765; 11 gennaio 2013, n. 86; 20 dicembre 2010, n. 7614; 10 dicembre 2010, n. 7508).
La Sezione ha, invero, rilevato che della disposizione di legge regionale sopra richiamata deve darsi necessariamente un’interpretazione costituzionalmente orientata, volta a garantire l’osservanza dei principi di ragionevolezza, proporzionalità e buon andamento della pubblica amministrazione (artt. 3 e 97 della Costituzione), nonché ad assicurare l’esigenza che la legge regionale si attenga ai principi fondamentali desumibili dalla legge statale (articolo 117, terzo comma, della Costituzione), la quale stabilisce l’efficacia a tempo indeterminato della delibera di adozione del piano, fissando unicamente i termini di efficacia delle correlate misure di salvaguardia, peraltro di durata pluriennale (art. 12 del D.P.R. n. 380 del 2001).
Pertanto, tra le possibili interpretazioni, consentite dal tenore letterale della previsione normativa, deve privilegiarsi quella che attribuisce al termine per l’approvazione finale del piano natura ordinatoria, ponendo la sanzione dell’inefficacia in correlazione con la mancata valutazione delle osservazioni pervenute.
In particolare, la soluzione interpretativa cui la Sezione ha aderito, e che va in questa sede ribadita, ha evidenziato che la previsione dell’inefficacia degli atti assunti è collocata incidentalmente nel testo dell’articolo 13, comma 7, della legge regionale n. 12 del 2005. Ciò consente di riferire la sanzione dell’inefficacia non all’inosservanza del termine di novanta giorni, previsto nella prima parte della disposizione, ma alla violazione dell’obbligo, stabilito nella seconda parte della previsione normativa, di decidere sulle osservazioni e di apportare agli atti del P.G.T. le conseguenti modificazioni, sempre in termini non perentori (cfr. T.A.R. Lombardia, Milano, II, 22 gennaio 2019, n. 122; 10 dicembre 2018, n. 2761; 30 marzo 2017, n. 761; 26 maggio 2016, n. 1097)».

TAR Lombardia, Milano, Sez. II, n. 2613 del 28 dicembre 2020.
La decisione è consultabile sul sito istituzionale della Giustizia Amministrativa, sezione decisioni e pareri.