Secondo il TAR Milano: «La c.d. doppia conformità richiesta dalla previsione di cui all’art. 36 del D.P.R. n. 380/2001 ha riguardo ad aspetti edilizi e non involge il tema paesaggistico che ... è oggetto, in caso di mancanza o difformità, della valutazione prevista dagli artt. 167 e 181 del D.Lgs. n. 42/2004. Laddove tale valutazione abbia esito positivo, la successiva e diversa istanza per l’accertamento in conformità non potrà, certamente, rigettarsi solo in ragione della mancanza della preventiva valutazione paesaggistica. Il carattere di autonomia della valutazione e dei relativi provvedimenti non consente, quindi, di assegnare una simile portata preclusiva ad un aspetto (quello paesaggistico) diverso dalla valutazione meramente edilizia prevista da tale disposizione. Del resto, già nella vigenza della previsione di cui all’art. 13 della L. n. 47/1985 (antesignana dell’attuale sistema normativo) si afferma l’illegittimità di un diniego di sanatoria fondato sulla mera collocazione dell’immobile in area vincolata evidenziando la sola necessità di ottenere la valutazione paesaggistica da parte dell’Ente competente (T.A.R. per il Lazio – sede di Roma, Sez. II-bis, 5.9.2007, n. 8580). Ove tale valutazione sia, come nel caso di specie, espressa e sia quindi affermata la compatibilità paesaggistica dell’intervento in quanto rientrante nelle ristrette maglie previste dal d.lgs. 42/2004, la diversa valutazione edilizia non può negarsi affermando, a fini edilizi, la non conformità paesaggistica che proprio il procedimento di sanatoria mira a conferire».

TAR Lombardia, Milano, Sez. II, n. 28 del 5 gennaio 2021.
La decisione è consultabile sul sito istituzionale della Giustizia Amministrativa, sezione decisioni e pareri