Il TAR Milano affronta la problematica dell'applicazione delle misure di salvaguardia in presenza di opere opere soggette a SCIA e osserva:
<<8. Le misure di salvaguardia hanno la specifica funzione di evitare che, nelle more del procedimento di approvazione degli strumenti di pianificazione, le richieste dei privati, fondate su una pianificazione ritenuta non più attuale, finiscano per alterare la situazione di fatto e, quindi, per pregiudicare definitivamente gli obiettivi generali cui invece è finalizzata la programmazione urbanistica in itinere.
Esse scattano automaticamente dalla data di adozione del nuovo piano urbanistico – peraltro senza necessità che questo sia stato pubblicato e reso esecutivo (Cons. Stato, Sez. IV, 20 aprile 2016, n. 1558; Id., 30 novembre 2020, n. 7516) – e si applicano a tutti i titoli edilizi non perfezionatisi, ivi inclusi quelli che si formano sulla scorta delle sole dichiarazioni dei privati, ossia la D.I.A. e – ora – la S.C.I.A.
Sul punto, la giurisprudenza ha avuto modo di precisare che le finalità proprie delle misure di salvaguardia «sussistono in modo del tutto identico anche nelle ipotesi normativamente previste di richieste di interventi edilizi realizzabili senza alcun titolo abilitativo, come avviene nel caso della DIA, con la conseguenza che anche detti interventi debbono in ogni caso essere conformi alle previsioni degli strumenti urbanistici adottati» (Cons., Stato, sez. IV, 9 ottobre 2012, n. 5257; T.A.R. Bologna , Sez. I, 19 aprile 2017, n. 298; Cons. Stato, Sez. IV, 30 novembre 2020, n. 7516).
9. A quanto sopra consegue che non si può escludere l’assoggettamento dell’opera alle misure di salvaguardia né per il sol fatto che queste siano state oggetto di S.C.I.A. né per la circostanza che i lavori fossero già stati iniziati. Ciò che rileva, in termini di operatività temporale delle misure di salvaguardia è unicamente il mancato perfezionamento del titolo edilizio alla data di adozione del P.G.T., dunque, con riferimento alla S.C.I.A., il mancato decorso del termine di trenta giorni dalla sua presentazione, a prescindere dall’intervenuto inizio dei lavori, il quale non ha alcuna capacità di consolidare la segnalazione>>.

TAR Lombardia, Milano, Sez. II, n. 1814 del 23 luglio 2021.
La decisione è consultabile sul sito istituzionale della Giustizia Amministrativa, sezione decisioni e pareri.