Il TAR Brescia, con riferimento alla possibile rimozione dei vizi dopo l'annullamento del permesso di costruire, precisa:
«19. L’art. 38 del DPR 380/2001 tutela il soggetto che esegue un intervento edilizio confidando senza colpa nella legittimità del permesso di costruire poi annullato. La tutela consiste nella facoltà di ottenere un nuovo titolo edilizio previa “rimozione dei vizi delle procedure amministrative”. Questa formula è stata variamente interpretata in giurisprudenza, ma recentemente si è affermata una tesi restrittiva, che limita la regolarizzazione alle questioni di forma e di procedura, con esclusione dei vizi sostanziali, allo scopo di evitare che “la conservazione dell'immobile nella sua integrità si ponga in irrimediabile conflitto con i valori urbanistici e ambientali” (v. CS Ap 7 settembre 2020 n. 17).
20. Prendendo come riferimento quest’ultima precisazione, sembra ragionevole ritenere che il confine tra l’ammissibilità e il divieto della riedizione del titolo edilizio annullato passi per la conformità con la disciplina urbanistica attuale. Più precisamente, se attraverso la rinnovazione dell’istruttoria è possibile dare un diverso fondamento giuridico all’edificazione nel rispetto della disciplina urbanistica attuale, il rilascio di un nuovo titolo edilizio appare ammissibile, in quanto viene salvaguardato l’equilibrio tra l’affidamento del privato e l’interesse pubblico di natura pianificatoria. Al contrario, se il mantenimento di quanto edificato introducesse un elemento incongruo rispetto alla disciplina urbanistica, tale equilibrio non sarebbe rispettato, perché il titolo edilizio annullato e rieditato avvantaggerebbe solo il privato, spezzando l’omogeneità della disciplina di zona. In questo caso, dovrebbe essere ingiunta la demolizione, e in alternativa la fiscalizzazione, se la demolizione, secondo il prudente apprezzamento dell’amministrazione, non fosse tecnicamente praticabile.
21. Per il rilascio di un nuovo titolo edilizio in luogo di quello annullato non è necessaria la doppia conformità, che è invece prevista per la sanatoria ex art. 36 del DPR 380/2001. Quest’ultima fattispecie e quella dell’art. 38 del DPR 380/2001 si distinguono perché in un caso viene posto in essere un comportamento illegittimo, mentre nell’altro il comportamento è assistito dalla presunzione di legittimità degli atti amministrativi (v. ancora CS Ap 17/2020 sopra citata). Ne consegue che per il passato vale l’apparenza giuridicamente qualificata, mentre è sufficiente che la conformità urbanistica sussista al momento del rilascio del nuovo titolo, in modo che sia certa la coerenza tra l’edificazione e la versione più recente dell’interesse pubblico di natura pianificatoria».

TAR Lombardia, Brescia, Sez. II, n. 777 del 9 novembre 2020.
La decisione è consultabile sul sito istituzionale della Giustizia Amministrativa, sezione decisioni e pareri.