Il TAR Milano richiama i principi ribaditi dalla giurisprudenza amministrativa (cfr., ex plurimis, Cons. Stato, Sez. IV, 3 gennaio 2017, n. 4) in tema di pianificazione urbanistica di attuazione e in tema di competenza degli organi in relazione alla adozione degli atti ad essa riconducibili e in particolare l’orientamento secondo il quale “il piano di lottizzazione (o altro strumento di pianificazione attuativa) e lo schema di convenzione ad esso allegato costituiscono atti distinti ma giuridicamente connessi, la cui approvazione non può che avvenire contestualmente da parte dell'unico organo al quale, nell'ambito dell'ente locale, è attribuito l'indirizzo politico-amministrativo in relazione alla pianificazione del territorio, e cioè da parte del Consiglio comunale’ (Cons. Stato, sez. IV, 29 settembre 2016 n. 4027); ‘mentre piano urbanistico attuativo e schema di convenzione formano oggetto di un unico atto di approvazione (di competenza del Consiglio comunale), la convenzione propriamente detta (cioè il contratto ad oggetto pubblico successivamente stipulato) costituisce certamente … un atto negoziale autonomo (nel senso di essere giuridicamente distinto dal provvedimento - atto unilaterale di approvazione), la cui sottoscrizione deve essere effettuata dal dirigente del Comune, ex art. 107, co. 3, lett. c) T.U. enti locali’, il quale, se non ha ‘un potere di modifica e/o integrazione delle clausole, che inciderebbe sul contenuto stesso della potestà pianificatoria precedentemente esercitata dal Consiglio comunale’, tuttavia ‘laddove ritenga che le clausole contrattuali in sé considerate, ovvero lo stesso piano urbanistico attuativo contrastino con disposizioni di legge, ben può rimettere le sue osservazioni all'organo competente, onde sollecitarne una ulteriore valutazione ed, eventualmente, l'esercizio del potere di annullamento in autotutela, ai sensi dell'art. 21-nonies l. n. 241/1990" (sent. n. 4027/2016 cit.)”.

TAR Lombardia, Milano, Sez. II, n. 612 del 5 marzo 2021.
La decisione è consultabile sul sito istituzionale della Giustizia Amministrativa, sezione decisioni e pareri.